Covid-19 en France : que sait-on de la reprise de septembre 2026 ?

Oui, le Covid-19 recircule davantage en France en cette rentrée 2026, mais à des niveaux comparables ou inférieurs aux deux années précédentes et sans signal de gravité particulière à ce stade.

Dernière mise à jour : 25 septembre 2026. Après le retour au travail, la rentrée scolaire et les retrouvailles en intérieur, plusieurs personnes signalent les mêmes petits soucis dans leur entourage : fatigue, toux ou mal de gorge. Faut-il parler d’une nouvelle vague ? Les données disponibles décrivent plutôt une reprise surveillée. La circulation augmente, mais les indicateurs ne dessinent pas, pour l’instant, une situation comparable aux fortes vagues précédentes.

En bref

  • Les passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 progressent dans toutes les classes d’âge en semaine 38 (du 14 au 20 septembre 2026), selon Santé publique France.
  • Les actes SOS Médecins augmentent chez les moins de 65 ans, avec un niveau proche de celui observé en 2025 et inférieur à celui de 2024.
  • La concentration de SARS-CoV-2 dans les eaux usées monte depuis plusieurs semaines, sans permettre de prévoir l’ampleur de la reprise.
  • La campagne conjointe contre la grippe et le Covid-19 commencera le 13 octobre 2026 en France hexagonale et aux Antilles.

Ce que disent les urgences et SOS Médecins #

Le signal est réel. Dans son point épidémiologique hebdomadaire du 23 septembre (données Île-de-France), Santé publique France indique que les passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 ont continué à augmenter en semaine 38, dans toutes les classes d’âge. Les effectifs se rapprochent de ceux observés à la même période en 2024 et 2025.

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Les actes réalisés par SOS Médecins suivent la même direction, notamment chez les moins de 65 ans. Leur niveau est proche de celui de 2025, tout en restant faible par rapport à 2024. Le point publié le 16 septembre signalait déjà une hausse en semaine 36 chez les moins de 15 ans et les 15-64 ans, avec des effectifs encore inférieurs à ceux des deux années précédentes.

Ces données mesurent des recours aux soins pour suspicion de Covid-19. Elles ne correspondent donc pas à un décompte exhaustif des infections confirmées. Une hausse des consultations n’équivaut pas automatiquement à une hausse des hospitalisations ou des formes graves.

Ce que montrent les eaux usées #

Les eaux usées donnent un autre angle de lecture. Le réseau SUM’Eau analyse la présence du génome du SARS-CoV-2 dans les stations de traitement. Il s’appuie sur 54 stations réparties en France et suit les variations de concentration du virus dans les rejets de la population.

En Île-de-France, sept stations sont suivies. Une forte tendance à la hausse a été observée en semaine 38, avec un niveau retrouvé pour la dernière fois en octobre 2024. Santé publique France précise toutefois que les hausses dans les eaux usées précèdent généralement celles observées chez les patients, sans préjuger de leur ampleur ni de la sévérité des cas.

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Autrement dit, cet indicateur agit comme un voyant précoce. Il montre que le virus circule davantage, pas ce que seront les conséquences dans les hôpitaux. L’épidémiologiste Antoine Flahault estime d’ailleurs que les niveaux mesurés restent « très inférieurs à ceux du pic de l’an dernier à la même période », tout en rappelant : « on ne peut pas prédire son ampleur et son impact aujourd’hui ».

La rentrée explique-t-elle cette reprise ? #

La rentrée favorise les contacts rapprochés : classes, transports, bureaux et réunions en intérieur. Les pièces mal ventilées facilitent aussi la transmission du Covid-19, comme celle d’autres infections respiratoires. La saison joue probablement un rôle dans cette reprise, mais les indicateurs disponibles ne permettent pas d’attribuer la hausse à une seule cause.

Il faut donc regarder la tendance sur plusieurs semaines. Une hausse ponctuelle des consultations ne suffit pas à parler d’une épidémie d’ampleur nationale. Le suivi conjoint du Covid-19, de la grippe et des autres infections respiratoires aide à replacer les chiffres dans leur contexte.

La campagne de vaccination du 13 octobre #

La campagne conjointe contre la grippe et le Covid-19 commencera le 13 octobre 2026 en France hexagonale et aux Antilles, selon l’annonce faite aux soignants par la Direction générale de la santé le 22 septembre 2026. Mayotte et La Réunion suivent un calendrier différent.

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Les publics prioritaires comprennent les personnes âgées de 65 ans et plus, les femmes enceintes quel que soit le trimestre, les personnes atteintes de maladies chroniques, les personnes présentant une obésité avec un IMC supérieur ou égal à 40, les personnes immunodéprimées et leur entourage, les résidents d’établissements comme les EHPAD ainsi que les professionnels de santé.

Le vaccin Covid prévu pour cette campagne est une nouvelle formulation de Comirnaty ciblant le sous-lignage XFG d’Omicron. Les deux vaccins peuvent être injectés lors de la même séance, dans deux bras différents. Si les injections sont séparées, aucun délai minimal n’est requis.

Public Vaccin grippe Vaccin Covid Prise en charge
Personnes de 65 ans et plus Recommandé Recommandé Grippe : gratuit en pharmacie avec le bon de l’Assurance maladie · Covid : pris en charge
Femmes enceintes Recommandé Recommandé Grippe : gratuit avec le bon de prise en charge · Covid : pris en charge
Maladies chroniques, immunodépression, obésité (IMC ≥ 40) Recommandé Recommandé Grippe : gratuit avec le bon de prise en charge · Covid : pris en charge
Résidents d’EHPAD et professionnels de santé Recommandé Recommandé Grippe : gratuit avec le bon de prise en charge · Covid : pris en charge
Personnes hors publics prioritaires Ordonnance nécessaire, vaccin non pris en charge Pris en charge Modalités différentes selon le vaccin

Les médecins, sages-femmes, pharmaciens et infirmiers peuvent vacciner. Pour la grippe, les personnes ciblées reçoivent un bon de prise en charge de l’Assurance maladie, utilisable en pharmacie.

Et moi, concrètement ? #

Si vous appartenez à l’un des publics prioritaires, la campagne débute le 13 octobre. Il est possible de demander les deux injections lors du même rendez-vous. Les personnes très fragiles ou concernées par une situation particulière peuvent demander conseil à un professionnel de santé.

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En cas de symptômes, limiter les contacts avec les personnes vulnérables et éviter les lieux clos très fréquentés reste la précaution de bon sens. L’aération des pièces est un réflexe simple, notamment au bureau, dans une salle de classe ou lors d’une visite en établissement accueillant des personnes âgées.

Côté travail, une infection peut se traduire par quelques jours d’absence. L’indemnisation des absences courtes est justement en débat : notre article sur les arrêts maladie courts et la proposition du Medef fait le point. Et si un problème de santé s’installe dans la durée, les règles applicables sont détaillées dans notre guide de l’arrêt de travail longue durée.

Enfin, l’automne est aussi la saison des questions santé du quotidien : à lire par exemple, ce point sur la carence en vitamine D, ses symptômes et les taux à connaître.

Faut-il parler d’une urgence de santé publique ? #

Les éléments disponibles ne décrivent pas une urgence de santé publique. Une telle qualification dépendrait d’une progression durable des hospitalisations, d’une pression marquée sur les soins ou d’une hausse des décès, et pas seulement de consultations plus nombreuses.

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À ce stade, les données montrent surtout une reprise de la circulation du SARS-CoV-2. Les niveaux restent comparables ou inférieurs à ceux des deux années précédentes selon les indicateurs disponibles, tandis que les eaux usées annoncent une tendance à surveiller sans prédire sa suite.

Questions fréquentes #

Y a-t-il vraiment une augmentation des cas de Covid en France ?

Oui, plusieurs indicateurs progressent, notamment les passages aux urgences, les actes SOS Médecins et la concentration du virus dans les eaux usées. Les données disponibles ne décrivent toutefois pas une reprise massive.

Suis-je prioritaire pour la vaccination ?

Les personnes de 65 ans et plus, les femmes enceintes, les personnes immunodéprimées, celles atteintes de maladies chroniques ou présentant une obésité avec un IMC supérieur ou égal à 40, ainsi que leur entourage, figurent parmi les publics prioritaires, avec les résidents d’EHPAD et les professionnels de santé.

Les vaccins contre la grippe et le Covid peuvent-ils être reçus le même jour ?

Oui. Ils peuvent être injectés lors de la même séance, dans deux bras différents. Aucun délai minimal n’est requis si les injections sont réalisées à des moments séparés.

Ces informations, à jour au 25 septembre 2026, ne remplacent pas un avis médical.

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